V súčasných podnikoch je významnou úlohou inovačného manažmentu riadenie inovačného procesu, ktorý je charakterizovaný svojou nepredvídateľnosťou, nakoľko potrebuje špecifické nástroje na riadenie, ktoré generujú často v organizácii odpor voči novému. Manažéri musia pristupovať k inovačnému procesu z rôznych uhlov pohľadu, z pohľadu komplexnej podnikovej stratégie, výberu a realizácie nových produktov alebo procesov v podniku, špecifických požiadaviek na rizikové financovanie, prípadne požiadaviek na plánovanie kapacít, manažmentu projektov a organizovania pracovníkov.