Príchod trhu s emisnými kvótami priniesol so sebou nielen záväzky znižovania emisií skleníkových plynov, ale aj možnosť využiť určitú flexibilitu celej schémy, ktorú ponúka. Obchodovanie s emisnými kvótami je len jeden z mnohých nástrojov využívaný na znižovanie emisií skleníkových plynov, avšak všeobecne uznávaný ako najsilnejší. Jeho hlavnou prednosťou je cielene nájsť najmenej nákladné možnosti znižovania emisií spomedzi všetkých subjektov na tomto trhu. Týmto sa dostávame k podstate a hlavnému zmyslu zavedenia schémy obchodovania a tým je: znižovať emisie tam, kde je to ekonomicky najvýhodnejšie.