Základným cieľom riadenia nákladov je spresnenie alokácie nákladov podniku a zároveň posilnenie strategického postavenia podniku. Existuje niekoľko systémov (metód) na riadenie nákladov podniku, pričom v poľnohospodárskych podnikoch sa v súčasnosti vo väčšine využíva tradičná metóda kalkulácie vlastných nákladov.